A escasos veinte años de la Independencia de Centro América del coloniaje español, surgió la idea de fundar una Universidad en nuestro país. Cupo tan grande iniciativa al Congreso Constituyente del Estado de El Salvador, que era presidido por el Licenciado Juan Nepomuceno Fernández Lindo y Zelaya, más conocido como Juan Lindo. Fue así como el 16 de Febrero de 1841, por iniciativa de los Presbíteros y Doctores Don Antonio José Cañas y Don Narciso de Monterrey, se aprobó en el Congreso Constituyente la fundación de la Universidad de El Salvador y de un Colegio de Educación.
Se atribuye el honor de fundación de la Facultad de Odontología de la Universidad de El Salvador, al Dr. Rafael Zaldívar, Médico de profesión, graduado de la Universidad de París y quién dirigió los destinos del país de 1876 a 1884. Algunos historiadores atribuyen al Ex presidente General Don Francisco Menéndez (1885-1890) haber concretizado este hecho con la emisión del respectivo decreto de fundación. En apego a un juicio histórico, puede decirse que ambos, uno como médico, humanista y amante del progreso y el segundo, como hombre visionario impulsador de la instrucción pública, tienen el mérito histórico.
Debido a las vicisitudes políticas, sociales y militares de la época, el mencionado decreto, no se materializó, sino hasta la gestión del General Don Tomás Regalado, quién a instancias del Rector de la Universidad en esa época, el Dr. Don Ricardo Moreira, le dio cumplimiento un 16 de Diciembre de 1899.
Por la proximidad de la natividad, se ordenó el inicio de clases hasta el 2 de enero de 1900. El comienzo de siglo, marca así el inicio de actividades académicas de nuestra Facultad.
Para esa época, la profesión era ejercida por odontólogos nacionales graduados en otros países, especialmente en los Estados Unidos y por extranjeros que venían por algún motivo a ejercer al país. Fue así como la Facultad, en sus inicios, funcionó como un «Gabinete Dental» adscrito a la Facultad de Medicina, y tuvo como primer Director al Dr. Manuel María Urreta Uribe (1871-1927), odontólogo colombiano, graduado de la Universidad de Boston, Ma., U.S.A. Posterior al Dr. Urreta, el cargo fue sucesivamente desempeñado por los doctores Alejandro Cromeyer, Alfonso Salguero y José Llerena H., siendo este último posteriormente nombrado como Decano, cuando el Gabinete Dental se transformó en Facultad como tal.
En un inicio, el Plan de Estudios comprendía clases teóricas y prácticas de laboratorio clínico que se impartían durante tres años. Gran parte de esta práctica era desarrollada en las clínicas particulares de aquella época. Para su ingreso, únicamente se requería haber cursado las materias correspondientes a la primaria y tener 16 años de edad. El título otorgado era el de Dentista. El local asignado para su funcionamiento estaba localizado en la esquina formada por la 6ª. Ave. Sur y 4ª. Calle Oriente, al costado Sur de la casa y Residencia Presidencial. Las clases teóricas eran impartidas en la Facultad de Medicina.
Posteriormente se ocuparon otros locales hasta que con la construcción del edificio de la Facultad de Medicina, se ubica en el edificio de la Universidad (La Casona), donde estuvo hasta Diciembre de 1955, cuando un incendio destruyó las viejas instalaciones. A raíz del suceso, ocupó por un corto tiempo el antiguo local del Colegio Sagrado Corazón, hasta que en 1958, por gestiones realizadas por el Dr. Julio Oscar Novoa, se trasladó a su actual ubicación en el campus de la Ciudad Universitaria. En 1977, fungiendo como Rector el colega odontólogo, Dr. Carlos Alfaro Castillo, se inauguró el edificio anexo y el Auditórium, el cuál duplicó nuestra planta física, pero que también, al igual que el edificio original, fueron lamentablemente dañados por el terremoto del 10 de octubre de 1986. Ambas instalaciones se encuentran actualmente reconstruidas y habilitadas.
El año de 1920, considerado como el del renacimiento de la profesión en nuestro país, se realizaron cambios importantes. Fungía como Director del Gabinete Dental el Dr. José Llerena H. El Gabinete Dental fue elevado a la categoría de Facultad y el Dr. Llerena pasó a ser el primer Decano. Este mismo año se establece como requisito de ingreso, el poseer el grado de Bachiller en Ciencias y Letras, se incrementa el número de materias a cursar y el grado a otorgar pasa de Dentista al de Cirujano Dentista.
El año de 1962, siendo Decano el Dr. Adriano Vilanova Marenco, marcó el inicio de un nuevo Plan Curricular, el cual incluyó cambios sustanciales en contenido e intensidad de estudio. La mayor parte de las materias básicas eran impartidas en la Facultad de Medicina por profesores de dicha Facultad y por odontólogos nombrados por nuestra Facultad. Este Plan experimentó con el transcurso de los años, algunas modificaciones, especialmente cuando se crearon las Áreas Comunes. 1987, fue también escenario de un nuevo cambio curricular, el cual fue modificado varias veces, para irlo adecuando al cambio de los tiempos. En el año 2005 se modificó el Plan de Estudios y es el que se encuentra actualmente en vigencia.
El cambio se planteó en el marco de una modificación a la Ley de Educación Superior, inconsulta a la Universidad de El Salvador; que entró en vigencia en ese año, con la supuesta necesidad de mantener el grado de Doctor en Cirugía Dental, habiéndose incrementado los años de estudio; no así las Unidades Valorativas, que ya estaban determinadas en la versión original de la Ley. La carrera pasó a tener una duración de ocho años; correspondiendo siete al Pensum y uno de Servicio Social Obligatorio.
El espacio no permite profundizar y ampliar este breve relato de más de 100 años de vida académica. Nuestra Facultad continuará indudablemente por los senderos de la superación y el progreso, identificada siempre con las necesidades de Salud Oral de los salvadoreños. Nuevos planes están en desarrollo y marcarán el futuro histórico de nuestra querida institución.